Vía alternativa
La activación del sistema de complemento también puede darse a través de esta vía que empieza con la activación espontánea de C3 (mediada por agua o por la C3 convertasa de la vía clásica, por lo cual esta vía puede ser considera una vía de amplificación para la vía clásica).
La porción C3b se une a la superficie del patógeno, luego este se une a un factor plasmático, el Factor B, el cual por su unión a C3b se vuelve suceptible de ser atacado por otro factor, el Factor D.
El Factor D actúa sobre el Factor B, el cual libera los fragmentos Ba y Bb. Este último se une a C3b para formar el C3 convertasa o C3b,Bb de la vía alternativa, la cual es inestable por lo cual necesita de la unión del Factor P o properdina que una ves unido estabiliza al complejo. Las posteriores reacciones a la formación de C3 convertasa son similares a la vía clásica. Es importante destacar que en esta vía la porción protelítica que actúa sobre C4 y C2 es el Bb (fragmento grande del Factor B) y que tras la unión de otra molécula de C3b a la C3 convertasa se forma la C5 convertasa de la vía alterantiva o C3B,Bb,C3b,P.
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